Kiekvieno paciento kelias, gydymo metodų seka gali būti skirtinga, priklausomai nuo to, kur išsivystė pirminis navikas, kokiuose kituose organuose yra ligos metastazių ar kokių gretutinių ligų turi pacientas. Paprastai pirmas dalykas, kurį svarbu atlikti – naviko biopsija, kai paimami naviko audiniai ir ištiriami mikroskopu. Patvirtinus naviką histologiškai, toliau atliekami radiologiniai tyrimai siekiant išsiaiškinti ligos išplitimą organizme. Gydymo taktika (gydymo metodų seka) parenkama daugiadalykės komandos aptarime, dalyvaujant patirties gydant šiuos navikus turinčiam chirurgui, onkologui chemoterapeutui, onkologui radioterapeutui, gydytojui radiologui, patologui, o esant reikalui – ir kitiems specialistams.
Jei navikas yra tik viename organe, tuomet pagrindinis gydymo metodas – chirurginis jo pašalinimas. Ištyrus naviko ląstelių ypatybes mikroskopu, sprendžiama dėl tolesnio (papildomo, taip vadinamo, adjuvantinio) gydymo poreikio. Paprastai dauguma šių pacientų pilnai pasveiksta, o gydymo trukmė nėra ilga – apie pusę metų arba dar trumpiau.
Jei liga išplitusi į keletą organų, bet ligos nėra daug (tai vadinama oligometastatine liga) – esant galimybei metastazės taip pat gali būti pašalintos operaciniu būdu. Tačiau, jei liga išplitusi labiau ir chirurgiškai jos pašalinti neįmanoma, taikomas ilgalaikis medikamentinis gydymas, galintis trukti ne vienus metus. Daugumai neuroendokrininių navikų būdinga lėta eiga, kartais gydymas trunka ir dešimtmetį.